Старшие Боги наблюдали за Мирами и правили ими с несказаной мудростью, но один из Старших Богов, известный, как Шиннок, поддался жадности и иллюзиям о безграничном могуществе. Он захотел получить новую реальность Земли для себя, но Старшие Боги назначили молодого бога грома Рейдена защищать Земное Царство. Битва между Рейденом и Шинноком была жестокой и едва не уничтожила Землю ввергнув планету в века тьмы. Рейден узнал, что Шиннок попал в реальность используя магический амулет. Амулет позволил ослабить границы реальности и войти в неё без проведения турнира, также он не позволил Старшим Богам вмешаться. Вынужденный выбирать между уничтожением расы Ящеров живущих на Земле или победой над Шинноком, Рейден выбрал второе. Рейден лишил Шиннока его амулета и при помощи Старших Богов скинул Шиннока в Преисподнюю. Рейден захоронил амулет глубоко в горах Азии и создал огромный храм, и назначил четырёх стражников. Эти стражники представляли элементы из которых была создана Земля: Ветер (Фудзин), Земля, Вода и Огонь. Шиннок будет заточён в Нижнем Мире ровно столько сколько Амулет будет находится на Земле.
За два года до событий оригинального МК, Куан Чи нанял Саб-Зиро Старшего, чтобы помочь ему достать древний амулет. Сам Куан Чи узнал о карте от Шанг Цунга, который выменял эту информацию на помощь в воскрешении Синдел. Во время кражи карты из Шаолиньского монастыря, на которой была изображена дорога к храму в котором хранился амулет, Саб-Зиро убил ниндзя по имени Ханзо Хасаши из клана Ширай Рю, человека, в будущем более известного, как Скорпион. После кражи карты, Саб-Зиро предпринял отчаянное путешествие через Земное Царство, победил богов Ветра, Земли, Воды и Огня, и в конце концов добыл амулет, который у него тут же забрал Куан Чи. После этого к Саб-Зиро явился Рейден и открыл ему тайну амулета. Неохотно Саб-Зиро согласился отправиться в Преисподнюю и вернуть амулет. Миссия Саб-Зиро закончилась успехом и амулет был возвращён Рейдену. Чего не знали ни воин Лин Куэи, ни бог грома, так это того, что Куан Чи подменил амулет на подделку, которую и украл Саб-Зиро у Шиннока.

MKM:SZ обычно классифицируется, как приключенческий боевик, но управление в игре очень похоже на то, что использовалось в файтингах серии. У игрока есть четыре кнопки для атаки (верхние и нижние удары руками и ногами), есть отдельные кнопки блока и бега, как в Mortal Kombat 3. Игрок может использовать спецприёмы и фаталити, которые выполянются также, как и в традиционных играх серии. Также есть и две новых кнопки: "поворот", которая позволяет разворачивать Саб-Зиро в разные стороны, и "действие", которая позволяет подбирать и использовать предметы. Также есть экран статуса, в котором отображается инвенторий с вещами игрока, опыт и спецприёмы.
Игрок начинает игру с небольшой полоской жизней и ограниченным запасом продолжений. Побеждая противников, Саб-Зиро будет получать очки опыта, которые позволят открыть новые спецприёмы и увеличить силу и количество жизней. Когда игрок получит первый спецприём появится полоска энергии называемая "Ледяной метр" (Ice meter), для выполнения спецприёмов необходимо, чтобы в ней было хоть немного энергии. Здоровье и ледяные силы могут быть восполнены при помощи предметов, которые можно подобрать на уровнях (впрочем полоска "Ледяной метр" будет медленно восполняться сама собой).
Практически во всех уровнях игры основной целью игрока является собирание ключей, в форме различных медальонов и знаков, которые необходимы для попадания в следующюю часть уровня. Уровни, как правило, разбиты на три части, после прохождения которых идёт битва с боссом.

Саб-Зиро (Джон Турк) - главный герой игры, которым управляет игрок, ниндзя из клана Лин Куэй, нанятый колдуном Куан Чи для нахождения амулета Шиннока
Куан Чи (Ричард Дивицио) - колдун, лидер Братства Теней и главный помощник Шиннока, который имеет свои собственные планы на амулет, появляется в качестве предпоследнего босса в игре
Скорпион (Сэл Дивита) - ниндзя из клана Ширай Рю, которого также нанял Куан Чи для кражи карты с местонахождением амулета из шаолиньского храма. Там он встретился в битве с Саб-Зиро и был убит. Появляется в качестве первого босса. В зависимости от того сделает игрок в конце боя фаталити или нет, Саб-Зиро может ещё раз сразится со Скорпионом уже в Преисподней.
Рейден (Майкл Гарви) - бог грома и защитник Земного Царства, он рассказывает Саб-Зиро о назначении амулета и открывает портал в Преисподнюю, он же в конце игры помогает Саб-Зиро оттуда выбраться.
Грандмастер Лин Куэй (Майкл Гарви) - загадочный лидер клана Лин Куэй
Шиннок (Гери Вингерт) - падший старший бог, главный злодей игры, в одном из вариантов прохождения появляется в камере Саб-Зиро в Преисподней. Последний босс в игре, появляется в двух формах - сначала в своём обычном виде, после того, как Саб-Зиро отбирёт у него амулет превращается в демона. Демона-Шиннока можно убить самым мощным спецприёмом Саб-Зиро - Полярный Взрыв, который требует для использования всю полоску энергии ледяных сил, но можно сразу прыгнуть в портал и избежать битвы, на концовке игры это не отразится.
Киа (Керри Хоскинс) - одна из убийц работающих на Куан Чи, появляется в качестве одного из боссов в последнем уровне игры
Сарина (Лиа Монтелонго) - одна из убийц работающих на Куан Чи, появляется в качестве одного из боссов в последнем уровне игры. Если игрок не сделает на ней фаталити, то она поможет Саб-Зиро в битве с Куан Чи. После этого последует сцена в которой она попросит спасти её из Незереалма, но через секунду она будет смертельно ранена Шинноком. В мануале игры намекалось про взаимотношения между Сариной и Рейко, но какого-либо развития эта история не получила.
Джатаака (Рейчел Хеберт в игре, Эрика Грейс в видеороликах) - одна из убийц работающих на Куан Чи, появляется в качестве одного из боссов в последнем уровне игры.
Фудьзин (Антони Маркез) - бог ветра и один из охранников амулета Шиннока, появляется в качестве босса на втором уровне игры.
Бог воды(Брайан Глинн) - появляется в качестве босса на четвёртом уровне игры.