4 сентября 2000 года ...
…Спустя три года после трагических событий в Нью-Йорке, митохондрии вернулись, но уже в Лос-Анджелес, где Айя работает агентом ФБР, в секретном отделе MIST.
Игра сильно изменилась по сравнению с прошлой частью. Изменилась графика, игровой процесс и пополнился арсенал огнестрельного оружия. Игра приобрела более масштабный характер, как в плане сюжета, так и действия. Вы побываете в пустыне, на заброшенном руднике и в секретной лаборатории. Повстречаете много новых героев, которые так или иначе связаны с секретом митохондрии. Но главное, Вы приблизитесь к разгадке тайны Айи.