В плане сюжета, CT 2 предлагает совершенно новую историю, связанную с предыдущми частями лишь мелкими отсылками, и повествующую о судьбе 17-летней девочки Алиссы, страдающей от необъяснимого раздвоения личности, проявляющего себя в моменты психологического шока или сильного стресса. Обычно она - грустная неприметная девочка, но в глубинах ее подсознания также существует вторая личность - ее близнец, жестокий парень по имени Бэйтс, которая дает о себе знать. Эта особенность сюжета не только добавляет психологический подтекст в лучших традициях произведений Стивена Кинга, но и автоматически влечет к появлению оригинальных нововведений в геймплея: так что у нашей протагонистки есть как бы две психологических фазы, она постоянно балансирует между своей женской личностью и личностью своего мужского альтер-эго, что сильно влияет на решение головоломок, посещение локаций, а также диалоги и развитие истории. Например, вы рискуете довести отчаявшуюся женщину до самоубийства, если поговорите с ней в состоянии жестокого Бэйтса, но в месте с тем данная личность может защитить вас от опасности в определенные моменты и сделать то, на что мягкая и нерешительная Алисса была бы неспособна. Переключение в основном происходит за счет опасны для жизни моментов и амулета, подаренного Алиссе отцом в детстве, который по определенным причинам умеет сдерживать влияние личности Бэйтса. То есть, если вы снимете амулет и на вас кто-то нападет, вы автоматически переходите в фазу Бэйтса, а потом, надев амулет обратно, снова становитесь Алиссой.