Игра рассказывает о юности Лары. В первом тренировочном уровне Лару обучает извесный археолог Фон Крой, с которым она собирается учавствовать в археологической экспедиции. Затем она отправляется в Египет. Чтобы победить бога Сета, Ларе необходимо получить особый древний амулет. Уровни теперь не абсолютно линейны, и сюжет весьма запутан, в один и тот же уровень приходится возвращаться по нескольку раз. Некоторые предметы, найденные в первых уровнях, нужно использовать ближе к концу игры.
Разработчики улучшили движок игры и добавили новые спецэффекты. Полностью изменился дизайн всех меню и настроек. И, конечно, добавлено новое оружие и движения.